Langage de programmation Python

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Python est un langage de programmation interprété, orienté objet, dont l'utilisation va des scripts systèmes aux applications web.

Il est régi par une licence libre proche de la licence BSD et fonctionne sur la plupart des plateformes.

Par défaut, Python est installé sur Ubuntu. Saisir python3 dans un terminal donne donc accès à l'invite de commande Python. Pour connaître votre version de Python installé, entrez python3 -V dans le terminal.

Python est aussi un écosystème modulaire, qui propose une importante quantité de bibliothèques dont peut dépendre chaque script. Celles-ci sont centralisées sur le dépôt PyPI est peuvent être gérées avec pip3.

Cependant :

Sur Ubuntu, Python est étroitement lié au système. Pour une utilisation avancée on évitera donc d'utiliser la version native, installée par défaut (donc la commande python3), ou pip3, son gestionnaire de dépendance associé.

C'est là qu'intervient pipx (ou ses équivalents) :
pipx permet d'exécuter chaque script Python dans un environnement isolé, ce qui permet d'utiliser les versions de son choix avec les dépendances de son choix sans interférer avec le système (à la manière de containers, en plus simple).

Pour lancer un script local incluant une dépendance avec pipx, la commande sera par exemple :

pipx run --spec dependence python3 script.py

où dependence est une bibliothèque Python dont dépend script.py.

Pour plus d'information sur la programmation en Python, référez-vous au portail Programmation.

Logiciels éditeur Python (IDE)

Les logiciels pour éditer des scripts python :

Nom	CP	C/F	AC	MLS	PD	EM	SC	SI	BM	LN	UML	CF	CT	UT	UID	DB	RAD	comments
Nom	Cross Platform	Commercial ou Free	Auto Code Completion	Multi-Language Support	Integrated Python Debugging	Error Markup	Source Control Integration	Smart Indent	Bracket Matching	Line Numbering	UML Editing or Viewing	Code Folding	Code Templates	Unit Testing	GUI Designer	Integrated DB Support	Rapid Application Development
BlackAdder	Y	C						Y				Y
BlueFish	L
Boa Constructor	Y	F	Y		Y	Y		Y	Y	Y	Y	Y	Y
ConTEXT	W	C
DABO	Y
DreamPie		F
Dr.Python		F				Y
Editra	Y	F	Y	Y			Y	Y	Y	Y		Y
Emacs	Y	F	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Eric Ide	Y	F	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y¹	Y²		¹QtDesigner ²Navigateur SQL intégré
E-Texteditor	W
Geany	Y	F	Y*	Y				Y	Y	Y		Y						* very limited
Gedit	Y	F	Y¹	Y				Y	Y	Y			Y²					¹ with plugin ² sort of
Idle	Y	F	Y
JEdit	Y	F		Y					Y	Y		Y
KDevelop	Y	F		Y			Y	Y	Y	Y		Y
Nom	CP	C/F	AC	MLS	PD	EM	SC	SI	BM	LN	UML	CF	CT	UT	UID	DB	RAD	comments
Komodo	Y	C/F	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y		Y	Y	Y		Y
NetBeans	Y	F	Y	Y	Y		Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y			Y
NotePad++	W	F		Y						Y
Pfaide	W	C	Y	Y				Y	Y	Y		Y	Y
PIDA	LW	F	Y	Y				Y	Y	Y		Y
PTVS	W	F	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y		Y			Y*		Y
PyCharm	Y	C	Y	Y*	Y		Y	Y	Y	Y		Y		Y
PyDev(Eclipse)	Y	F	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Pyscripter	W	F	Y		Y	Y		Y		Y			Y	Y
PythonWin	W	F	Y		Y			Y	Y			Y
SciTE	Y	F		Y		Y			Y	Y		Y	Y
ScriptDev	W	C	Y	Y	Y	Y		Y	Y	Y		Y	Y
SPE		F	Y								Y
Spyder/spyderlib	Y	F	Y		Y	Y		Y	Y	Y
Sublime Text	Y	C	Y	Y				Y	Y	Y			Y
TextMate	M			Y				Y	Y	Y		Y	Y
UliPad	Y	F	Y	Y	Y			Y	Y				Y	Y
Vim	Y	F	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y		Y	Y	Y
VS Code/Codium	Y	F	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y		Y	Y	Y			module python pour codium/VSC
WingIde	Y	C	Y	Y*	Y	Y	Y	Y	Y	Y		Y	Y	Y
Zeus	W	C					Y	Y	Y	Y		Y	Y
Nom	CP	C/F	AC	MLS	PD	EM	SC	SI	BM	LN	UML	CF	CT	UT	UID	DB	RAD	comments

Acronymes:

Y - Yes
CP - Cross Platform — { multi-plateformes }
C - Commercial — { sous licence commerciale }
F - Free — { sous licence gratuite }
AC - Automatic Code-completion — { finalisation automatique du code }
MLS - Multi-Language Support — { intégration multilingue }
PD - Integrated Python Debugging { interface de débogage du code Python intégrée }
EM - ErrorMarkup — { procédure de balisage d'erreurs }
SC - Source Control integration — { procédure de contrôle du code source intégrée }
SI - Smart Indent — { formatage intelligent du code source }
BM - Bracket Matching — { fermeture automatique des différentes parenthèses }
LN - Line Numbering — { numérotation automatique des lignes de code }
UML - UML editing / viewing — { édition et visualisation du langage unifié de modélisation graphique }
CF - Code Folding — { procédure de repli synthétique du code source }
CT - Code Templates — { modélisation/prototypage du code source }
UT - Unit Testing — { tests des unités de commandes }
UID - GUI Designer (for example, Qt, Eric, ..) — { module de conception des interfaces graphiques dédiées à l'utilisateur }
DB - integrated database support — { intégration et gestion des bases de données }
RAD - Rapid application development support — { gestion de la modélisation/du développement accélérés des applications }
L - Linux
W - Windows
M - Mac

Logiciels de création d'interface graphique

Les logiciels et librairies pour créer des interfaces graphiques pour python:

Tkinter (librairie python)
QT Creator (logiciel) ou pyQT (librairie python) pour des interfaces en QT

Python 3 et Ubuntu

Depuis Ubuntu bionic 18.04, Python 3 est installé par défaut et est accessible via la commande python3.

Actuellement, Ubuntu 24.04 est livrée avec Python 3.12.

Les modules

Il faut souvent ajouter des modules (bibliothèques) à l'installation de base. Cela peut-être fait via les suites d'outils anaconda ou miniconda évoquées ci-dessous, mais si vous n'avez besoin que de quelques modules, il est possible de les ajouter avec le gestionnaire de paquets python PIP, par exemple, pour installer le module PySerial (communication série)

pip install pyserial

Pour lister les modules installés :

pip list

On peut ajouter l'option –local pour ne lister que ceux installés localement (dans $USER/.local/bin)
Sans l'option ci-dessus, il y en a beaucoup, aussi un pipe avec grep peut être utile !

pip list | grep pyserial

IDLE 3

Pour installer IDLE, il suffit d'installer idle-python3.xx où 3.xx est la version que l'on a de python et on l'exécute en utilisant ce même nom.

iPython/Jupyter

Voici les instructions pour installer IPython et Jupyter :

pip3 install jupyter
pip3 install ipython

Anaconda

La société Anaconda a fait des changements de licences qui peuvent entraîner la nécessité de payer pour accéder à certaines librairies.
Il existe plusieurs alternatives, notamment :

Micromamba : https://mamba.readthedocs.io/en/latest/user_guide/micromamba.html
Miniforge : installateur maintenu par conda-forge (communautaire) pour mamba/conda https://github.com/conda-forge/miniforge
Pixi : https://pixi.sh/latest/

Pixi semble être la solution la plus ergonomique pour gérer des environnements conda sans Anaconda ni Miniconda. Pixi présente pas mal d'avantages (https://prefix.dev/blog/pixi_a_fast_conda_alternative) et est très orienté science (https://prefix.dev/blog/pixi_for_scientists)

Enfin, il faut surtout désactiver le canal "defaults" des environnements conda en mettant "nodefaults" à la place (par exemple : https://github.com/pierrepo/env-logiciels-bioinfo/blob/main/cours/rnaseq.yml). En effet, conda va toujours utiliser ce canal "defaults" qui appartient à Anaconda.

Anaconda est une suite d'outils (plus de 200 paquets et plus de 500Mo) allant de l'éditeur Spyder au framework Qt et PyQt, en passant par jupyter pour les notebook, et de nombreuses librairies de programmation, pip et pep8…
Pour l'installer, reportez-vous à la page dédiée sur le site officiel:
https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux
La liste des paquets installés est visualisable via anaconda-navigator puis Environnements. En cas de soucis, pensez à mettre à jour le navigateur:

conda update anaconda-navigator

Attention, l'installation d'Anaconda peut entrer en conflit avec la version système de Python et ainsi causer problème avec certaines applications. Des problèmes ont été rencontrés avec les applications suivantes:

hplip

Pixi

Avec Pixi¹⁾ , on peut complètement éviter de dépendre des serveurs de l'entreprise Anaconda et à la place dépendre des serveurs de Prefix (l'entreprise allemande derrière mamba et Pixi).

Pour l'installer :

curl -fsSL https://pixi.sh/install.sh | sh
# ou avec wget :
wget -qO- https://pixi.sh/install.sh | sh

Facile à mettre à jour en relançant l'installation ou

pixi self-update

Miniconda

Également basé sur le canal Anaconda. Les réserves exprimées ci-dessus sont donc également vraies pour Miniconda.
Miniconda permet de limiter le nombre de paquets ou de n'installer que le strict nécessaire. Ça n'installe que le gestionnaire de paquet conda

De nombreuses ressources sont disponibles sur le web pour apprendre à programmer en Python, reportez-vous aux liens de cette page

Debugger avec PDB

Si vous êtes débutant, vous préférerez sans doute l'utilisation d'un IDE tel que spyder, eclipse, pycharm

PDB est une solution de débuggage en ligne de commande similaire à GDB
Pour pouvoir l'utiliser, il suffit d'ajouter en début de votre fichier python la ligne:

import pdb; pdb.set_trace()   # pour débugger… en ligne de commande !-)

Le pdb.set_trace() peut-être mis plus tard dans le code !

Reportez-vous à la doc de GDB ou à la doc officielle pour débugger (point d'arrêt, raccourcis…)

Voici la liste des pages de la documentation présentant les logiciels liés au langage Python :

(en) Site officiel
Python sur wikipedia
Association francophone Python
Wiki Python francophone
Débuter avec Python au lycée
Tutoriel complet sur developpez.com
Apprenez les bases du langage Python sur OpenClassrooms
Introduction au langage Python3
Apprendre à programmer avec Python" - Gérard Swinnen librement téléchargeable à l'adresse https://inforef.be/swi/download/apprendre_python3_5.pdf (version janv. 2012)
(en) https://python.swaroopch.com/
(en) http://ipython.org/
(en) Codon ou comment compiler et accélérer du code python ! et sa documentation
(en) uv, gestion de projets et de paquets.

Contributeurs : draco31.fr, René Stoecklin, bcag2, krodelabestiole.

¹⁾

sous licence BSD-3… https://github.com/prefix-dev/pixi/blob/main/LICENSE qui utilise conda-forge également sous BSD-3 https://github.com/conda-forge/conda-forge.github.io/blob/main/LICENSE