✎ fah [Wiki ubuntu-fr]

Vous affichez une ancienne révision du document ! Si vous l'enregistrez, vous créerez une nouvelle version avec ce contenu.

----

====== FAH : Folding@Home ======

Installation, paramétrage et lancement automatique de Folding@Home.

=====  Introduction =====

Folding@Home est un projet de distribution de données à plusieurs ordinateurs qui étudie  le repliement des protéines, les repliements anormaux, l’agrégation des protéines, et les maladies liées. L'idée est d'utiliser des méthodes informatiques nouvelles et une répartition des données aux ordinateurs dit "distribués" à grande échelle pour simuler des échelles de temps des milliers voire des millions de fois plus longues que celles qu’on réalisait auparavant. Cela nous a permis de simuler un repliement pour la première fois, et de mener désormais notre recherche vers l’étude des maladies associées.

=====  Installation et paramétrage =====

Il existe plusieurs méthodes pour installer F@H sur Ubuntu. Ci-dessous nous présenterons l'installation manuelle.
Voir aussi les autres méthodes sur la page de [[https://help.ubuntu.com/community/FoldingAtHome|Documentation Ubuntu]] (en anglais), notamment:

- l'installateur semi-officiel [[https://help.ubuntu.com/community/FoldingAtHome/finstall|finstall]] qui permet de faire tourner F@H en Daemon (sans fenêtre).

- l'installateur pour réseaux [[https://help.ubuntu.com/community/FoldingAtHome/folding.sh|folding.sh]]

==== Installation ====

* Par exemple dans /home/[utilisateur]/fah 
 
  mkdir ~/fah

* Télécharger le client F@H dans le dossier nouvellement créé

cd ~/fah
  wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH504-Linux.exe

* Changer les droits du fichier

chmod +x FAH504-Linux.exe

* Exécuter le programme afin de paramétrer F@H ([[http://folding.extremeoverclocking.com/team_list.php|Liste des équipes]], Ubuntu: 45104, ou Alliance Francophone: 51, ou Linux: 163 ou ...)

./FAH504-Linux.exe -configonly

* Entrer les infos requises

==== Création du fichier de demarrage automatique  ====

* Créer un fichier nommé fah dans le dossier /etc/init.d

sudo gedit /etc/init.d/fah

* Maintenant, copier les infos suivantes à l'intérieur

#!/bin/sh
  # /etc/init.d/fah for Ubuntu
  # Start/stop/restart the F@H service.
  
  export FAH_HOME=/home/[utilisateur]/fah
  
  fah_start() {
  if [ -x "$FAH_HOME/startfah.sh" ]; then
  echo "Starting F@H: $FAH_HOME/startfah.sh"
  "$FAH_HOME/startfah.sh"
  fi
  }
  
  fah_stop() {
  sudo killall FAH504-Linux.exe
  }
  
  fah_restart() {
  fah_stop
  sleep 2
  fah_start
  }
  
  case "$1" in
  'start')
  fah_start
  ;;
  'stop')
  fah_stop
  ;;
  'restart')
  fah_restart
  ;;
  *)
  fah_start
  esac

Sauvegarder et fermer gedit.

* Changer les droits du fichier

sudo chmod +x /etc/init.d/fah

==== Démarrage automatique au lancement d'Ubuntu ====

* Maintenant, nous allons créer le script startfah.sh
 
  gedit ~/fah/startfah.sh

* Copier les informations suivantes à l'intérieur

#!/bin/sh
  
  export FAH_HOME=/home/[utilisateur]/fah
  
  cd $FAH_HOME
  $FAH_HOME/FAH504-Linux.exe >/dev/null 2>&1 &
  exit 0
 
Vous pouvez ajouter les paramètres -forceasm et -advmethods ou d'autres ...

Plus d'infos sur (en anglais) : [[http://www.liquidninjas.com/bbs/showthread.php?t=3270]]

* Changer les droits du fichier

chmod +x ~/fah/startfah.sh

* Etape finale, créer un lien dans ///etc/rc2.d//

sudo ln -s /etc/init.d/fah /etc/rc2.d/S99fah

Pour tester le script, rebooter ou entrer la commande :

sudo /etc/init.d/fah start

Lancer le moniteur système, l'utilisation CPU doit être a 100% !!!

==== Remarques ====

* 1- Si le programme ne se lance pas à la session suivante, revérifier chacune des étapes. Si tout est correct, essayer la manipulation suivante:

sudo apt-get install bum

Pour Ubuntu « Gutsy Gibbon » 7.10 il suffit de [[apt://bum|cliquer ici]].

Ensuite, aller dans Système->Administration->BootUp Manager
Vérifier que le script fah soit bien présent dans la liste et coché. On peut également démarrer/arrêter le service depuis ce programme si besoin.

Une fois coché, valider les changements et relancer la session. Le programme Folding@Home devrait se lancer.

Relancer le script

==== Suivi du travail en cours ====

* Différents outils permettant par exemple de suivre l'évolution du travail en cours sont disponible sur [[http://forum.folding-community.org/viewtopic.php?t=11700|cette page]]
  * Exemple de suivi graphique: [[http://sourceforge.net/project/screenshots.php?group_id=164311|Protein Think]]

----

//Contributeurs : Traduit/Rédigé par [[utilisateurs:dukiclock]] et[[utilisateurs:YannUbuntu]]
Remarques et commentaires  sur le [[http://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?pid=44821#p44821|forum Ubuntu-fr]].//

Merci de recopier le code ci-contre pour prouver que vous êtes humain : P V H F F Merci de laisser ce champ vide :

Résumé

Note : En modifiant cette page, vous acceptez que le contenu soit placé sous les termes de la licence suivante : CC Paternité-Partage des Conditions Initiales à l'Identique 3.0 Unported