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====== Gestion bibliographique : Bibus ======

===== Introduction =====

Si comme moi vous êtes universitaire (enseignant ou étudiant en pleine rédaction de thèse) ou chercheur (qui trouve et qui a donc des dizaines d'articles à écrire) vous avez sûrement été confronté à la douloureuse phase de l'insertion des références bibliographiques dans votre prose. Sous Windows il existe des logiciels payants comme "EndNote" qui fonctionnent correctement avec MS office.
Si vous vous mettez au logiciel libre (sous Linux, Windows ou OS X) et que vous utilisez OpenOffice là ça coince et ça peut vous pousser à laisser tomber ce logiciel.
Heureusement 2 solutions s'offrent à vous:

1) [[JabRef]] ([[http://jabref.sourceforge.net/]]). Applet Java qui fonctionne quel que soit l'OS mais qui nécessite d'utiliser emacs, LyX ou Kile

2) [[Bibus]] ([[http://bibus-biblio.sourceforge.net]]). Logiciel dont il existe des versions Windows (98-XP), OS X et Linux. Il permet d'insérer des citations dans openoffice et même dans word (pour les irréductibles).

Après plusieurs essais c'est sur ce logiciel que mon choix s'est arrêté.

Avant de commencer j'ajoute que j'ai installé Bibus sur plusieurs machines sous Linux/Breezy/Dapper avec succès en suivant cette méthode:

===== Prérequis =====

- Fonction “sudo” activée (sinon voir ajout sudo utilisateur).
  - Connexion Internet configurée et activée (sinon voir la section : accueil Modem RTC et ADSL). 
  - 10 à 15 minutes devant soi.

===== Installation =====

Ouvrez un terminal et éditez votre fichier de configuration des dépôts comme ceci:
<code>
sudo gedit /etc/apt/sources.list
</code>
Ajoutez les lignes suivantes:
<code>
## Bibus
deb http://switch.dl.sourceforge.net/sourceforge/bibus-biblio ./
deb-src http://switch.dl.sourceforge.net/sourceforge/bibus-biblio ./
</code>
Puis
<code>
sudo apt-get update
sudo apt-get install bibus libsqliteodbc python-pysqlite2 python-wxgtk2.6 python-uno
</code>

=== Etape supplémentaire avec Gutsy (7.10): ===

Avec Gutsy il y a une erreur avec la "LD_LIBRARY_PATH". Pierre Martino (l'inventeur de Bibus) donne la solution temporaire à ce problème dans ce fil de discussion: [[http://ubuntuforums.org/showpost.php?p=3608641&postcount=3]]
Il faut donc, dans un Terminal.
<code>
gedit bibus
</code>
L'éditeur s'ouvre et il suffit de copier ce qui suit:
<code>
#! /bin/sh
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/lib/openoffice/program"
exec /usr/share/bibus/bibus.py
</code>
enregistrez le fichier puis quittez l'application.
Toujours dans le terminal entrez les commandes suivantes (afin de remplacer le lanceur de bibus par le fichier que vous venez de créer).
<code>
sudo rm /usr/bin/bibus
sudo cp bibus /usr/bin
sudo chmod +x /usr/bin/bibus
</code>

===== Faire communiquer Bibus et OpenOffice.org (inutile avec Dapper, Edgy ou Feisty, passer à l'étape suivante)=====

Pour cela il faut faire les liens symboliques suivant:

<code>
sudo ln -s /usr/lib/openoffice2 /usr/lib/openoffice
sudo ln -s /usr/lib/openoffice2/share /usr/lib/openoffice2/user
</code>
Maintenant tout devrait fonctionner...

===== Utilisation/Configuration =====

==== Premier lancement: ====

Utilisation avec **Gutsy**: Par défaut la sécurité concernant les macros est à un niveau trop élevé (refus des macros non signées) pour permettre à Bibus d'initier correctement la communication avec OpenOffice. Il faut donc la diminuer un peu dans le menu: Outils > Options > OpenOffice.org > Sécurité > Sécurité des Macros > puis cliquez sur "Niveau de sécurité moyen" (demande à l'utilisateur s'il veut utiliser la macro).

Il suffit de lancer bibus (applications>bureautique>Base de données bibliographiques Bibus).

Un écran d'accueil de première connexion est ouvert, choisissez Openoffice et cliquez sur "suivant"

Cliquez sur le bouton "activer" ce qui lance OpenOffice (si tout est OK)
  * Acceptez l'utilisation des macros
  * Dans le document, cliquez  le bouton "Accept UNO connections"
  * Fermez OpenOffice

Cliquez sur "Suivant"

Entrez le nom d'utilisateur de la base de données (votre login par exemple) et cliquez sur "suivant"

Indiquez un chemin et un nom à votre base de données bibliographique (/home/user/base-bibus par exemple)

==== Insérer une référence dans un document OpenOffice ====

Si vous venez d'installer bibus et d'activer la communication avec OpenOffice, pensez à redémarrer celui-ci (même le chargement rapide).
Il faut avoir le document texte ouvert avec OOo **ET** Bibus ouvert également. Il faut également avoir des références dans sa base (ça ne marche pas directement depuis l'interrogation de pubMed). Donc essayez de récupérer une référence sur pubMed et copiez-la de "requêtes" vers "références".
Sélectionnez la référence à insérer puis choisissez dans le menu "openoffice.org" l'action "insérer la citation".... tadaaaaa! ça doit s'insérer tout seul. Si on veut avoir un aperçu de ce que ça donnera il faut, dans bibus toujours, cliquer sur "openoffice.org/formater la bibliographie". Pour le rendu final, il faut utiliser "openoffice.org/finaliser"

Je vous laisse découvrir les options de mise en page via le menu "style".
C'est un résultat tout à fait comparable avec ce qui est obtenu avec des logiciels payants....

==== Importer une base de données bibliographiques depuis un autre logiciel ====

=== Depuis EndNote ===
Pour importer une base de données bibliographiques de Endnote vers Bibus il faut:
  * Dans Endnote: choisir le style "Export Refer" puis choisir "Exporter au format txt".
  * Dans Bibus: choisir "import Refer (Endnote)" prendre le code page cp1252 et normalement la base devrait être importée sans souci (seuls les liens internet vers pubMed sont perdus)

=== Depuis RefWorks ===

Refworks est un logiciel de gestion de références en ligne. (payant)
  * Dans Refworks: choisir le style "Bibliographic Software (EndNote,Reference Manager,ProCite)" puis choisir "télécharger".
  * Dans Bibus: choisir "RIS"

==== Connexion internet derrière un serveur proxy ====

Si votre connexion internet passe par un proxy, Bibus sera incapable de récupérer les citations sur PubMed. Ma demi-solution: avec un script ça fonctionne...

Créez un script de lancement bibus.sh comme suit:
<code>
gedit /home/nomutilisateur/dossier/bibus.sh
</code>
taper le code suivant:
<code>
#!/bin/sh
    export http_proxy="http://proxy.domaine.fr:3128"
    /usr/bin/bibus
</code>
Il ne reste plus qu'à éditer le raccourci qui pointe dans le menus applications>bureautique>bibus (via applications>outils système>Editeur du menu applications sous breezy ou applications>accessoires>Editeur de menu Alacarte sous dapper) et remplacer dans le champ "command" (via clic droit>propriété) "bibus" par "sh /home/nomutilisateur/dossier/bibus.sh".

==== dernières remarques ====

Chez certains utilisateurs qui ont fortement "customisé" leur distribution ou qui utilisent des versions différentes d'OpenOffice (autres que celle du dépôt) des étapes supplémentaires peuvent être nécessaires:

=== Bibus refuse de se lancer: ===

Dans ce cas essayez de rentrer ce code (merci strataoïde)
<code>
sudo ldconfig -v /usr/lib/openoffice2/program
</code>

=== Bibus refuse d'ouvrir OpenOffice au premier lancement: ===

Continuez le processus et déclarez votre nom d'utilisateur et le chemin vers votre base de données bibliographiques.
Puis recherchez et ouvrez le fichier "/usr/share/bibus/setup/UnoConnectionListener.sxd"
Cela permettra d'activer la connexion entre bibus et OpenOffice.

=== En cas de problème? ===

En cas de problème en cours d'installation, ou pour re-initialiser bibus, effacez simplement le fichier ".bibus" qui se trouve dans votre répertoire "home". La prochaine fois que vous lancerez Bibus il vous faudra refaire les étapes décrites lors du premier lancement.

===== Note(s) =====

Contrairement à ses concurents payants, Bibus est "open source". Si vous créez des styles de mise en page répondant aux spécifications de journaux, pensez à en faire profiter la communauté en les déposant sur le site de bibus:
[[http://bibus-biblio.sourceforge.net]]
Le site utilise la machine Wiki de Wikipedia. Vous pouvez donc créer une page librement et y attacher un style pour que tout le monde puisse en profiter. Le mieux c'est de le zipper ou gzipper pour éviter les problèmes de conversion de retour ligne unix/windows. (merci à Pierre Martineau pour ces précisions)

Merci à Berneri, SamheG, hello_world, stratoïde et Pierre Martineau pour leurs tests, précisions et conseils.
Merci à Bouh! pour sa relecture ;-)

[Edit 10/02/07: MAJ des dépôts suite à modification sur le site de l'auteur]
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//Contributeur : [[utilisateurs:oswald-p]]//

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Résumé

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